Ce n’était pas le cas avec la plupart des mutations identifiées au cours de la première année de pandémie. Depuis, il s’agit d’une crainte réelle.
Le séquençage et la surveillance continue des souches virales circulantes ont été mis en place à l’échelle mondiale, permettant de suivre l’apparition des mutations dans les génomes viraux et de repérer l’émergence de variants d’intérêt, dont les mutations confèrent des particularités épidémiologiques.
Le variant détecté en décembre 2020 au Royaume-Uni (variant B.1.1.7, ou 20I/501Y.V1) possède un nombre élevé de mutations par rapport à la souche de référence, dont une mutation modifiant un acide aminé dans le domaine RBD (Receptor Binding Domain) de la protéine S (mutation N501Y). Le variant détecté en République d’Afrique du Sud (variant B.1.351, ou 20H/501Y.V2) et le variant détecté au Japon lors d’un dépistage de personnes rentrant de Manaus (Brésil) puis identifié comme circulant dans le Nord du Brésil (variant P1, ou 20J/501Y.V3) comportent la même mutation N501Y et 2 autres mutations dans le RBD, K417N/T et E484K.
Pfizer-BioNTech et Moderna ont annoncé que le sérum de volontaires vaccinés par leur vaccin respectif avait une activité neutralisante équivalente sur un pseudo-virus comportant les mutations du variant 20I/501Y.V1 par rapport au virus de référence, tandis que des travaux montrent que d’autres mutations parmi lesquelles E484 réduisent significativement la reconnaissance du domaine RBD de la protéine S par les sérums de convalescents. Le laboratoire Moderna a annoncé que les titres neutralisants du sérum de volontaires vaccinés par leur vaccin étaient 6 fois inférieurs contre le variant B.1.351 par rapport à la souche de référence, mais conservaient néanmoins des titres supérieurs aux niveaux considérés comme protecteurs. Wang et al. ont testé sur différentes souches l’activité neutralisante de 20 plasmas de convalescents, les sérums de 22 personnes ayant reçu les deux doses de vaccins de Pfizer-BioNTech ou Moderna, et 30 anticorps monoclonaux, dont ceux du laboratoire Regeneron® ; ils observaient une diminution de l'activité neutralisante des anticorps vis à vis des virus présentant la mutation E484K (diminution de l'ordre de 6 à 8 fois par rapport aux autres variants) ; La mutation N501Y, associée à une plus grande affinité au récepteur ACE2, n'était pas associée à une diminution de l'activité neutralisante des anticorps naturels. Enfin, les études de phase 2/3 de Novavax et Johnson&Johnson/Janssen, qui ont été en partie réalisées en Afrique du Sud et au Brésil alors que les variants y étaient déjà présents, montrent une perte d’efficacité significative mais relativement limitée de l’efficacité clinique de ces deux vaccins sur les variants. Novavax rapporte une efficacité vaccinale de son vaccin NVX- CoV2373 de 89 % (IC95% 75-95) dans un essai de phase 3 incluant 15 000 participants au Royaume-Uni, le variant 20I/501Y.V1 représentant alors plus de 50 % des souches individualisées ; et une efficacité de 60 % (IC95% 20-80) dans un essai de phase 2b mené en Afrique du Sud où le variant 20H/501Y.V2 était majoritaire (https://ir.novavax.com/node/15506/pdf). Leurs données suggèrent en outre qu’un antécédent d’infection protège incomplètement contre une réinfection symptomatique par ce variant (un tiers des personnes incluses avaient une sérologie SARS-CoV-2 positive). Le laboratoire Johnson&Johnson/Janssen rapporte quant à lui une efficacité globale du vaccin Ad.26.COV2.S de 66 % (et 85 % contre les formes sévères/critiques) ; l’efficacité vaccinale était de 66 % en Amérique Latine et 57 % en Afrique du Sud (https://www.nih.gov/news-events/news-releases/janssen-investigational-covid-19-vaccine-interim-analysis-phase-3-clinical-data-released).
La technologie des vaccins à ARNm étant compatible avec un développement rapide, des nouvelles versions du vaccin, incorporant une ou plusieurs séquence(s) de variant(s), pourraient être élaborées en 8 semaines environ et pourraient faire l’objet d’une variation d’AMM, sachant que la composition des particules nanolipidiques nécessaires à la vectorisation intracellulaire de l’ARNm resterait la même.
Source : SPILF (Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française), 15/02/2021.